Pour maintenir des conditions de navigation les meilleures possibles, le Port de Bruxelles effectue régulièrement des travaux de dragage pour évacuer les boues qui s’accumulent au fond du canal en raison du courant et des précipitations. Un manque de dragage peut en effet engendrer un risque d’inondation dans la ville ainsi qu’un réel problème pour les plus grands bateaux.
Il s'agit d'une action de dragage de 1.000 à 1.800 m³ de boues par jour, qui sont ensuite transportées par la voie d'eau aux unités de traitement, séparées de tous déchets éventuels et transformées en matériaux de construction. Finalement, le dragage est une des missions de service public déléguées au Port de Bruxelles et est intégralement financée par la région de Bruxelles-Capitale.
